保育生物學課程亮點在於將保育議題與學生的生活經驗結合，讓學生在課堂上能有更深刻的學習體驗：
第一階段，帶領學生前往集集生物多樣性研究所的保育教育館，關注目前有發生的保育議題，並在課堂中將目前所發生的現況提出，以進行保育議題盤點。這階段的目的在於讓學生了解目前台灣的保育現況，並讓學生「發掘現今的保育議題」。
第二階段，由教師帶領，選擇其中幾項具爭議性的保育議題進行討論。在討論的過程中，學生將從不同人物角色的角度，以這些角色的利益衝突來思考此保育議題的困境。這階段的目的在於讓學生理解保育議題的複雜性，並「培養學生的批判性思考能力」。
第三階段，將議題交還給學生進行小組討論，並針對問題導向題目「如何以保育專業知識建構在地保育議題之解決之道」，來選擇小組報告題目。這階段的目的在於讓學生運用所學的保育專業知識，提出解決保育議題的具體方案。