文學院
1. 中國文學系                 
2. 歷史學系              
3. 台灣與跨文化研究國際博士學位學程

農業暨自然資源學院
1. 農藝學系                    
2. 園藝學系              
3. 森林學系               
4. 應用經濟學系        
5. 植物病理學系             
6. 昆蟲學系             
7. 動物科學系            
8. 土壤環境科學系           
9. 水土保持學系           
10. 食品暨應用生物科技學系                      
11. 生物產業機電工程學系                  
12. 生物科技學研究所
13. 國際農學博士學位學程

理學院
1. 化學系                      
2. 應用數學系                       
3. 物理學系        
4. 大數據產學研發菁英博士學位學程

工學院
1. 土木工程學系             
2. 機械工程學系                   
3. 環境工程學系          
4. 化學工程學系             
5. 材料科學與工程學系        
6. 精密工程研究
7. 生醫工程研究所（與醫學院合設）
   
生命科學院
1. 生命科學系                
2. 生物化學研究所                          
3. 分子生物學研究所
4. 生物醫學研究所 （與醫學院合設）          
5. 醫學生物科技博士學位學程        
6. 轉譯醫學博士學位學程
7. 生技產業創新研發與管理博士學位學程

獸醫學院
1. 獸醫學系                  
2. 微生物暨公共衛生學研究所        
3. 獸醫病理生物學研究所 

管理學院
1. 企業管理學系           
2. 財務金融學系                             
3. 科技管理研究所

法政學院
1. 國際政治研究所

電資學院
1. 電機工程學系           
2. 資訊科學與工程學系

醫學院
1. 組織工程與再生醫學博士學位學程  

博士學位學程
1. 微生物基因體學博士學位學程（與醫學院合設）